Una mejor herramienta para minar el genoma del cáncer

Jinghui Zhang y Xiang Chen

Poco después de que comenzara el Proyecto del Genoma del Cáncer Pediátrico de la Universidad de Washington, de St. Jude Children’s Research Hospital los científicos se dieron cuenta de que tenían un problema. Las herramientas de informática existentes a menudo omitían importantes cambios genéticos. Estos cambios quedaban sepultados bajo miles de millones de trozos de información creados por la secuenciación del genoma humano.

Los cambios implicaban copiado, eliminación o reubicación de piezas del genoma. Esos cambios ofrecen claves sobre la forma en que los tumores comienzan y se propagan. Los detalles podrían conducir a mejores métodos para encontrar y tratar el cáncer.

Por lo tanto Jinghui Zhang, PhD, del Departamento de Biología Computacional de St. Jude, y su equipo desarrollaron una herramienta mucho mejor. St. Jude la llamó la herramienta CONSERTING y la puso a disposición sin costo para los científicos de todo el mundo. Incluso existe una versión en la nube para que los investigadores puedan acceder a ella a través de los servicios web de Amazon y cargar datos para su análisis.

La nueva herramienta ha ayudado a los investigadores a encontrar cambios genéticos que impulsan cánceres tanto en niños como en adultos. Esos cánceres incluyen tumores cerebrales, leucemia y el tumor del ojo llamado retinoblastoma.

“CONSERTING nos ha ayudado a aprovechar el poder de la secuenciación del genoma completo para comprender mejor la forma en que el cáncer comienza y se propaga”, dijo Zhang. “A partir de esa comprensión surgirá la próxima generación de tratamiento para el cáncer”.

CONSERTING es el centro de la investigación publicada en Nature Methods (Métodos de la Naturaleza).

4 de mayo de 2015

Lea el comunicado de prensa (en inglés)

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