Una nube de oro

St. Jude Cloud comparte enormes cantidades de datos sobre el cáncer a la velocidad del pensamiento.

Por Carole Weaver Clements, PhD; fotos de Peter Barta

"Ese cómico video del gato es asombroso. Voy a mandárselo a mi tía", dice.

Cinco minutos después, su correo electrónico colapsa y el video del gato queda atrapado para siempre en el limbo. Y usted se recrimina por intentar enviar un archivo tan grande.

Ahora imagine que ese archivo es 2 millones de veces más grande. Y en lugar de un video, tiene información sobre el código genético de miles de cánceres infantiles. Esos datos son oro para los investigadores en todo el mundo que están buscando curas nuevas.

¿Pero cómo puede mandárselos?

Jinghui Zhang, PhD, tiene la respuesta; no se los mande. En cambio, ponga los datos en la nube. Un recién revelado portal de almacenamiento y computación en la nube, llamado St. Jude Cloud, tiene la colección pública más grande del mundo de datos genómicos de cáncer pediátrico.

Compartir recursos en todo el mundo

En el pasado, descargar uno de estos conjuntos de datos podría tomar seis meses, y eso incluso antes de que el científico pudiera comenzar a analizarlos.

"En ocasiones, los usuarios de nuestros datos se encontrarían con problemas técnicos en el proceso de transferencia de los datos.

 Algunas veces, incluso tuvimos que enviar discos duros para compartir los datos", explica Zhang, presidenta del Departamento de Biología Computacional de St. Jude. "Ahora, no hay ninguna necesidad de descargarlos. Ponemos todos los datos donde los científicos puedan acceder a ellos directamente".

Una vez que los investigadores obtienen el permiso para acceder, pueden verlos en solo minutos.

"En lugar de seis meses, se puede hacer el análisis en tan solo un fin de semana", dice Zhang, "porque se omite el paso de descarga".

Más rápido, más fácil, más productivo

La velocidad importa, porque estos análisis pueden revelar los cambios genéticos que causan un cáncer infantil. Si bien St. Jude Cloud se lanzó como una herramienta para los investigadores, la esperanza es que un día permita a los profesionales clínicos e investigadores identificar rápidamente las debilidades moleculares de un cáncer y dirigir el tratamiento a estas, un enfoque que se conoce como medicina de precisión.

Es por eso que es importante que St. Jude Cloud sea accesible a tantos investigadores como sea posible.

"Nos esforzamos mucho para que a todos les resulte fácil usarlo", explica Zhang. "Estos datos no son útiles solo para los especialistas en genética oncológica y los científicos de informática, sino para los investigadores que quizá no tengan conocimientos de informática".

Zhang y Keith Perry, jefe de información en St. Jude, dirigieron conjuntamente el desarrollo de St. Jude Cloud en asociación con Microsoft y DNAnexus para crear una plataforma segura y fácil de usar con el objetivo de compartir datos y herramientas de análisis exclusivas.

A través de St. Jude Cloud, los investigadores pueden usar nuestros datos y herramientas de análisis, incluso si no tienen la infraestructura en sus instituciones locales.

Keith Perry, St. Jude Chief Information Officer

"Con St. Jude Cloud esperamos derribar las barreras de ingreso para los investigadores en todo el mundo", dice Perry. "Los descubrimientos científicos, especialmente en el campo de la genómica del cáncer, requieren tecnología sofisticada. A través de St. Jude Cloud, los investigadores pueden usar nuestros datos y herramientas de análisis, incluso si no tienen la infraestructura en sus instituciones locales".

El proyecto de dos años implicó una amplia colaboración entre equipos de científicos, ingenieros de software y especialistas de Internet.

"Se produjo una gran sinergia entre los equipos", cuenta Clay McLeod de Biología Computacional de St. Jude. "Nuestro grupo desarrolló los datos y herramientas de genómica porque esa es nuestra especialidad. Microsoft y DNAnexus aportaron su propio conocimiento especializado en el proyecto. Y el equipo de Keith se concentró realmente en los siguientes pasos. La actitud es que todos están verdaderamente trabajando juntos con la misma meta de curar a los niños".

Man working on computer

Encontrar curas más rápidamente

En el pasado, podía tomar meses analizar datos que contuvieran los cambios genéticos que causan un cáncer infantil. Michael Rusch de Biología Computacional de St. Jude demuestra cómo realizar ese análisis de un modo rápido y sencillo en St. Jude Cloud.

Sin compromisos

El lanzamiento público de St. Jude Cloud se realizó en abril de 2018 en la reunión anual de la Asociación Americana de Investigación sobre el Cáncer.

"Obtuvimos una respuesta inmensamente positiva", dijo Zhang. "Conocimos a muchos científicos jóvenes que estaban realmente entusiasmados sobre la posibilidad de acceder a los datos. Y personas que quedaron realmente impactadas por la facilidad de la navegación a través de los conjuntos de datos".

"Una reacción sorprendente que observamos fue la incredulidad", continúa. "Las personas preguntaban, «¿Hay algún compromiso que se deba asumir para acceder a estos datos compartidos?» Casi pensaban que era demasiado bueno para ser verdad. Ver que estamos logrando un impacto de esta envergadura en la comunidad de investigación es reconfortante".

Y un día esta nube podría producir otro tipo de oro: terapias nuevas.

"Nuestro interés es eliminar los obstáculos para compartir los datos de modo que los demás puedan usarlos lo más rápido posible", explica Perry. "Una vez que se colocan los datos de St. Jude en la nube, y otros comienzan a compartir sus datos, entonces se producen conversaciones significativas".

"Esperamos que esas conversaciones conduzcan a nuevas curas".